Recenti scoperte archeologiche dimostrano che il territorio di Alberobello sia stato abitato fin dal Neolitico ed il trullo sarebbe giunto in Puglia intorno al XIII sec. a.C. grazie ad una immigrazione di Cretesi o Micenei o, al limite, per una successiva ondata migratoria greca.
La costruzione a "tholos"

(parola probabilmente di origine greca che significa cupola) sarebbe una derivazione in muratura della primitiva capanna. Alcuni storici locali sono convinti che il trullo nasca intorno al XVI sec. per volere della famiglia Acquaviva d'Aragona per la facilità con cui queste costruzioni potevano essere abbattute, magari in occasione di ispezioni regie. L'intera struttura del trullo è edificata con pietra calcarea locale. Nelle costruzioni primitive la spessa muratura portante era formata da pietre non squadrate, poste in maniera non regolare senza legante. Al contrario, nelle recenti, le pietre usate sono squadrate regolati e ben disposte. Sulla muratura è posizionata la copertura a "trullo" formata da concentrici anelli dì pietra collocati in leggero aggetto verso l'interno. Su ciascuno di esso poggia quello sovrastante, di diametro minore. La muratura di sostegno ed il cono sono imbiancati con latte di calce. L'unica parte che resta esposta alle intemperie ed a causa di queste assume un colore grigio è la copertura esterna costituita da lastre calcaree, dette chiancarelle, disposte senza l'uso di legante in filari sovrapposti con pendenza verso l'esterno, per agevolare lo scorrimento dell'acqua piovana, canalizzata verso una cisterna sotterranea. Il vertice del trullo possiede un pinnacolo che blocca gli ultimi filari. Ogni dimora è dotata di unico accesso alla strada. Spesso panchine in pietra vengono poste sullo spazio adiacente l'ingresso. Altro elemento caratterizzante l'architettura-tipo del trullo sono i comignoli dalle svariate forme. La più arcaica è a forma di parallelepipedo quadrato sormontato da una larga e sottile lastra di pietra. Era l'abitante del trullo a modificare l’uso degli spazi interni in base alle proprie esigenze. La struttura del trullo è, infatti, modulare. Consente di annettere nuovi locali al nucleo iniziale. Le stalle, i depositi, gli ovili erano, generalmente, separati dal nucleo abitativo pavimentato con basole di pietra calcarea ed avente porta d'ingresso. La costruzione di un soppalco di legno permetteva di sfruttare il volume della copertura conica come deposito per gli attrezzi agricoli e derrate alimentari o, in altre occasioni, come camera da letto per i bambini. Nell'ambiente sottostante erano due ambienti distinti: le alcove e i focarili. Le prime, sono grandi nicchie destinate al riposo dotate di arco e volta a botte senza porta d'ingresso , o finestra; le seconde, sono una sorta di stanza-camino utilizzate per la cottura dei cibi e per la produzione di calore. Da quest' ultime, ormai rare, si accedeva, tramite una piccola porta, all'orto. Il pinnacolo, elemento cuspidato, è composto, nella maggior parte dei casi, da quattro elementi. La prima parte è costituita dagli ultimi filari sigillati con malta ed imbiancati con calce; la seconda, in pietra, è detta cannarile e ha forma cilindrica o a tronco di cono; la terza, sempre in pietra, e detta carrozzala o scodella; la quarta, la coda, spesso costituita da una sfera di pietra, può assumere svariate forme. I pinnacoli possono essere decorati secondo il gusto del proprietario dell'abitazione o riportare una specie di marchio corrispondente al trullaro (costruttore). Secondo alcuni studiosi, l'uso della decorazione si ricollega ad una primitiva simbologia magica anche se la maggior parte dei segni che caratterizzano i tetti dei trulli hanno natura religiosa. Secondo una classificazione del 1940 si possono dividere in primitivi, magici, pagani, cristiani, ornamentali e grotteschi. Ai primitivi appartengono quei simboli non facilmente riconducibili ad alcun modello reale. Sono spesso intrecci di curve e linee, di circoli e triangoli, di punti isolati e linee terminali, prevalentemente di numero di tre, cinque e sette. I segni magici sono da ricollegare a segni astrologici, zodiacali e planetari. I pagani sono da ricollegare all'antico culto degli animali professato dai Romani. Le raffigurazioni cristiane sono quelle più comuni, numerose e varie e si riferiscono alle manifestazioni e ricorrenze della Chiesa Cattolica. I simboli grotteschi ed ornamentali sono frutto della fantasia del proprietario del trullo. Accanto alle iniziali del nome e cognome del proprietario e, spesso, raffigurato lo strumento del suo mestiere. Non mancano fiori, cuori intrecciati o stelle.